Název Perníkářka dostala po pernikáři Václavu Doležalovi, měšťanu Starého města, jenž byl jejím majitelem v letech 1656-1664. V té době to bylo zemědělské hospodářství pro pěstování potravin pro majitele, případně na prodej. Součástí byla i nevelká vinice. Budovy sloužily čistě zemědělským potřebám a dobytku, v části byla ubytována i čeleď. Pěstování vína tam zaniklo dlouho před rokem 1840, skica stabilního katastru (1840-1842) již zachycuje pouze pole, louky, lesík a žádnou vinici. Rovněž budovy byly podstatně jiné. Východní fasáda obytné budovy s navazující bránou působí dnes uceleným secesním dojmem. Kompaktně působí i východní pohled na navazující stodolu.
Dostavbu budovy č.p.59 přibližně do dnešní podoby provedl Fridrich Fritsch po roce 1870 (dle dochované dokumentace z téhož roku). Tehdy se začala část budovy používat jako občasný letní byt majitele. A to jen občasně, protože rodina disponovala i jinými nemovitostmi, např. Beránkou. V té době byly rovněž přestavěny pomocné budovy - stodoly - do podstatně většího sevření, čistě účelově s potlačenou estetikou.
Až do padesátých let 20. století byla usedlost využívána k zemědělským a řemeslným účelům (čalounictví).
V té době byla převedena na Akademii věd a postupně se měnila do stavu, který jste již mohli pozorovat. Hospodářské budovy byly postupně naprosto nemilosrdně přestavěny na garáže, myčku aut, truhlárnu, kotelnu, sklady chemikálií, atd. Zemědělské plochy byly zastavěny laboratořemi, kotelnou, sklady hnojiv a chemikálií, kůlnami, asfaltovými cestami a skleníky. Pozemek byl rozparcelován na cca 25 parcel. Celá plocha byla protkána sítí potrubí a kabelů. Obytná budova č.p.59 byla přestavěna na 6 bytů 4. kategorie a následně převedena na bytový podnik.
